当淘宝店铺被封，且店铺内的资金（如保证金）仍在淘宝网站上时，您可以按照以下步骤操作来处理：
了解封店原因
登录淘宝卖家中心，查看封店的具体原因。
查看保证金余额
确保您的保证金账户信息无误。
提交保证金退还申请
在卖家中心找到“保证金管理”模块，点击“申请退还保证金”。
等待审核
提交申请后，淘宝会在一定工作日内进行审核。
退款到账
审核通过后，保证金将退还至您绑定的银行卡。
如果您的淘宝账户被永久冻结，系统可能会自动解冻保证金。如果账户未被永久冻结，您需要完成所有交易、交易纠纷、投诉举报等，然后申请解冻保证金。
请注意，退款周期一般为5-7个工作日，具体以银行到账时间为准。