在昆山处理交通违章扣分，可以采取以下几种方式：
到交管所处理
携带驾驶证、身份证等相关资料，到昆山的交管所进行违章处理。处理方式包括扣分处理和缴纳罚款。如果扣分满12分，需要重新学习。
通过电子监控处理
登录昆山的电子监控网址，进入缴费网页，点击缴纳违法罚款，选择违法信息查询并进行登录。可以通过车牌号或处罚书进行查询。处理记分的交通违法行为时，车主需到大厅内耐心等待，根据广播叫号通知到指定业务柜台受理，并在处罚决定书上签署“对处罚无异议”并签名认可。
通过代理银行柜面缴纳罚款
被路面执勤民警当场开具的简易处罚决定书，违法行为人应持其第三联（交银行联）于开具决定书之日起十五日内，前往银行缴纳罚款。逾期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的3%加处罚款，加处罚款总额不得超出罚款数额。
通过自助机器处理
可以在交管所的自助机器上进行处理，或者使用支付宝等APP进行缴纳罚款。
异地违章处理
如果是异地违章，建议到违章地区的交警队接受处理，以防止在驾照本地处理了而异地违章记录无法消除的现象。
建议选择最方便的方式进行处理，例如通过电子监控或自助机器处理，以节省时间和精力。如果有扣分且不满12分，可以在周期结束前到交通部门处理违规并参加道路交通安全法规学习7日。