员工因病住院请假，一般情况下 不应扣除全部工资。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《劳动保险条例》，员工在医疗期内的病假工资或疾病救济费，应按照不低于本人正常工作时间工资的60%支付，同时这个比例不能低于当地最低工资标准的80%。
具体计算方式如下：
病假工资基数：
通常为劳动者本人所在岗位正常出勤的月工资。
计算系数：
根据连续工龄的不同，从本人工资的40%至100%不等计发。具体计算公式为：病假工资 = （计算基数 / 21.75） × 计算系数 × 病假天数。
需要注意的是，各地的具体计算方式可能有所不同，但无论何种计法，病假工资都不能低于当地最低工资标准的80%。
如果用人单位无故克扣病假期间工资，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，要求用人单位支付其被克扣的病假工资。