在新版电子税务局作废空白纸质发票的操作流程如下：
登录电子税务局
以法人、财务负责人或办税员身份登录全国统一规范电子税务局（新电子税务局）。
进入发票业务模块
在首页点击“发票业务”模块。
选择纸质发票业务
在“发票业务”模块中，点击“纸质发票业务”。
作废空白发票
在“纸质发票业务”模块中，点击“纸质发票作废”。
进入“纸质发票作废”界面后，点击“空白发票作废”。
选择需要作废的空白发票类型，并点击查询。
勾选需要作废的空白发票，并点击上方的“发票作废”按钮。
确认作废
系统会提示“发票作废执行成功”。
作废的空白发票应标注上“作废”字样，或者剪角作废。
系统验旧
作废后的空白发票，系统会在2-3个工作日内自动验旧，之后纸质发票信息将不再存在。
通过以上步骤，您可以顺利完成空白纸质发票的作废操作。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，建议联系当地税务机关或通过电子税务局的帮助中心获取支持。