案件时限的设定主要基于以下几个原因：
维护当事人利益：
案件时限能够确保当事人及时行使权利，防止因时间拖延导致证据丢失或失效，从而维护其合法权益。
保障法律公平正义：
通过设定案件时限，可以促使司法机关在法定期限内完成审判，确保法律适用的及时性和公正性。
提高司法效率：
案件时限要求司法机关集中精力处理现行案件，避免因陈年旧案占用过多资源，从而提高司法效率。
预防犯罪：
刑罚的目的之一是预防犯罪，案件时限可以表明犯罪人在一定期限内未再犯罪，其再犯罪的危险性相对降低，因此不再追究其刑事责任。
维护社会关系稳定：
长期不确定的法律状态不利于社会关系的稳定，案件时限可以督促权利人及时行使权利，建立新的、确定化的社会关系。
节省司法资源：
对经过一定期限不再犯罪的犯罪人不予追诉，可以节省大量的人力、物力和财力，将有限的司法资源用于更需要及时处理的案件。
综上所述，案件时限的设定是为了在保障当事人权益的同时，提高司法效率，维护法律公平正义和社会关系的稳定，并有效利用司法资源。