商铺被占的赔偿方式如下：
造成停产、停业的补偿
在规定的过渡期限内，按照所涉及的在册工人数或者工商营业执照登记的实际从业人数给予一次性最低工资补偿。
过渡期18个月以内的，补偿6个月。
拆迁房屋造成停租的补偿
按房管部门核发的《房屋租赁证》所载明的租金标准的50%补偿，直至回迁。
商铺所有权人的补偿
对商铺估价补偿。
商铺出租的租金损失的补偿。
商铺承租人的补偿
店面装修的补偿。
停产停业损失的补偿。
货物出清损失的补偿。
设备搬迁或重置的补偿。
其他补偿
对于门面房拆迁，还可以根据实际经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当拆迁补偿。
被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
非法侵占拆迁款的处罚
侵占、挪用被征收土地单位的征地补偿费用和其他有关费用，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
建议：
在面临商铺被占的情况时，建议及时咨询专业律师或相关机构，了解具体的补偿标准和程序，以确保自身权益得到充分保障。
同时，要保留好所有相关的证明文件，如工商营业执照、房屋租赁合同、租金标准等，以便在需要时提供。